Im bayerischen Verlauf umfasst das Einzugsgebiet des Inn rund 8000 km². Zwischen Kufstein und Erl verläuft die österreichisch-deutsche Staatsgrenze in der Flussmitte. Von dort aus fließt der Inn weiter in nördlicher Richtung bis Rosenheim, wo die Mangfall in ihn mündet. In seinem weiteren Verlauf ändert der Fluss seine Richtung immer mehr nach Osten. Unterhalb von Marktl mündet die Salzach als bedeutendster Nebenfluss in den Inn. Ab hier markiert der Fluss wieder die Staatsgrenze. Bei Passau mündet der Inn nach 517 Fließkilometern und mehr als 2000 überwundenen Höhenmetern schließlich in die Donau. Neben dem „grünen Inn“ fließt hier auch die „schwarze Ilz“ in die „blaue Donau“. Der mittlere Abfluss des Inn an seiner Mündung beträgt 730 m³/s.
Historische Innschifffahrt
Vor allem Passau und Mühldorf am Inn spielen in der Geschichte der historischen Innschifffahrt eine tragende Rolle, die bis ins 19. Jahrhundert ein wichtiger Handelsweg zwischen Tirol und Bayern und weiter über die Donau bis nach Wien darstellte. Mit der Eröffnung der Unterinntalbahn von Kufstein nach Innsbruck im Jahr 1858 verlor die Schifffahrt am Inn schließlich ihre Bedeutung als Handelsweg im Kaiserreich. Der Bau von Staustufen mit Wasserkraftwerken ohne Schleusen machte die durchgehende Schifffahrt später unmöglich. Seit Ende des 20. Jahrhunderts hat sich innerhalb der Staustufen dann ein gewisser Ausflugsverkehr entwickelt. Von Kufstein bis Niederndorf gab es bis 2011 eine touristisch orientierte Innschifffahrt, die aber mangels Fahrgästen eingestellt wurde. Heute wird nur noch lokal, beispielsweise in Passau, Schärding und Wasserburg am Inn, Fahrgastschifffahrt betrieben.
Aktueller Zustand
Im Grenzgebiet zwischen Tirol und Bayern verlässt der Inn das Gebirge und wandelt sich zum Voralpenfluss. Infolge der Kraftwerksbauten hat sich dieser markante Unterschied noch weiter verstärkt, wodurch der bayerische Inn heute einen weitgehenden Tieflandfluss-Charakter mit weiten, offenen Wasserflächen aufweist. Dort wurden ab 1924 insgesamt 19 Wasserkraftwerke errichtet. Die Unterbrechungen des frei strömenden Flusses durch Ausleitungen und Wehre, sowie der kraftwerksbedingte Schwallbetrieb haben zu signifikanten ökologischen Beeinträchtigungen geführt. Aus diesem Grund sind die Struktur und Abflussverhältnisse des Inn in diesem Bereich massiv verändert. Durch Abwassereinleitungen der 1950er Jahre wurde der Inn auf dieser Strecke zudem teilweise stark verschmutzt. Die Güteklasse 2 erreichte der Fluss im gesamten bayerischen Gebiet erst wieder im Jahr 1995.
Unterschutzstellung
Die durch den Kraftwerksbau in Bayern entstandenen sekundären Feuchtgebiete und Auwälder stellen heute wertvolle Lebensräume dar, die ein international bedeutendes Brut-, Rast- und Überwinterungsgebiet für rund 300 Vogelarten bilden. Aus diesem Grund wurden zahlreiche Regionen am bayerischen Inn zu FFH-Gebieten ausgewiesen. Dazu zählen:
- der Innauwald bei Neubeuern und Pionierübungsplatz Nußdorf (im Süden des Landkreises Rosenheim)
- Innauen und Leitenwälder (der südliche Teil im Landkreis Rosenheim, der nördliche Teil im Landkreis Mühldorf am Inn)
- die Inn und Untere Alz (Landkreis Altötting)
- Salzach und Unterer Inn (zwischen Freilassing und Neuhaus am Inn)
- Innleite von Buch bis Simbach (Landkreis Rottal-Inn)
- der Östliche Neuburger Wald und Innleiten bis Vornbach (Landkreis Passau)
- Donau von Kachlet bis Jochenstein mit Inn- und Ilzmündung (Landkreis Passau)
Artenvielfalt
An den flusszugewandten Hochwasserschutzdämmen am Unteren Inn finden sich Silberweidenauen, während die Auwälder an den flussabgewandten Seiten der Dämme hauptsächlich aus Eschen und Grauerlen bestehen – in trockeneren Bereichen auch aus Bergahornen. Die früher weit verbreitete Ufertamariske hingegen ist durch Verbauungen am bayerischen Inn fast ausgerottet worden. Die Auen dienen zahlreichen, auch gefährdeten Vogelarten als Lebens- und Brutraum. Bedeutsam sind hier unter anderem Brutvorkommen von Zwergdommel, Nachtreiher, Seidenreiher, Rohrweihe, Schwarzmilan, Schwarzkopfmöwe, Flussseeschwalbe, Eisvogel, Blaukehlchen, Brandgans, Weißkopfmöwe und Lachmöwe am Unteren Inn. Auch der Europäische Biber wurde in den 1970er Jahren auf der bayerischen Seite der Innstauseen wieder angesiedelt und hat sich seither ausgebreitet. Zwischen der Salzachmündung und der Antiesenmündung finden sich rund 15 Reviere, der Biber ist aber auch flussaufwärts bis ins Tiroler Oberinntal gewandert.
Der Kraftwerksausbau hat aber vor allem auch Auswirkungen auf die Fischfauna am Unteren Inn, weil sich Staubereiche mit verschlammtem Untergrund nicht mehr für typische Kieslaicher eignen. Neben den früher typischen Arten wie Barbe, Nase und Huchen, die heute nur noch vereinzelt zu finden sind, haben sich mittlerweile Fischarten angesiedelt, die ruhigere Flussabschnitte oder stehende Gewässer bevorzugen – darunter Brachse, Karpfen, Hecht, Rotfeder und Rotauge. Auch Aale und Karpfen kann man in der verringerten Strömung in den Bach- und Flussmündungen finden. Im träge fließenden und tiefen Wasser im Mündungsgebiet der Salzach ist auch der Waller heimisch geworden. Während heute vor allem Hobbyfischer am Inn auf reichen Fang warten, war bis zu Beginn des 20. Jahrhunderts der Fisch aus dem Fluss eine wichtige Nahrungsquelle.
