Trotz der zunehmenden Verbauung des Inn weist dieser in Tirol zwischen Fließ und Kirchbichl eine Besonderheit auf: die längste freie Fließstrecke aller österreichischen Flüsse auf einer Länge von 150 Fließkilometern. Der Fluss ist hier durch keine Staumauer unterbrochen und weist vorwiegend natürliche Abflussmengen auf. Allerdings wird die freie Fließstrecke trotzdem durch Schwall und Sunk der oberhalb liegenden Wasserkraftwerke beeinträchtigt, wodurch regelmäßig „künstliches Hochwasser“ herrscht. 2018 hat die Regierung einen Abschnitt von 80 Kilometern auf der freien Fließstrecke zwischen Haiming und Rotholz als „hochwertige Gewässerstrecke“ ausgewiesen. Seitdem gilt diese als Tabuzone für neue Staumauern oder Kraftwerke.
Schutzgebiete entlang des Inn
Trotz der jahrhundertelangen Veränderung des Inn durch menschlichen Einfluss finden sich auch heute noch am Tiroler und Schweizer Inn einige der wenig verbliebenen ursprünglichen Auengebiete. Andere Auengebiete wurden revitalisiert, nachdem Verbauungen, Wasserkraftnutzung und damit verbundene Restwasserregime die Dynamik der ehemaligen Innauen stark eingeschränkt hat. Die revitalisierten Abschnitte des Inn bei Bever, zwischen Sent und Ramosch (Aue Panasch) und bei Strada (Aue Strada) geben diesen wertvollen Lebensräume einen Teil ihrer Dynamik zurück. Die Auen sind in der Schweiz gemäß dem Naturschutzgesetz geschützte Lebensräume. Die Innauen sind mit nationaler, regionaler und lokaler Bedeutung alle im Aueninventar der Schweiz aufgeführt. Weitere Schutzgebiete sind die Smaragdgebiete God da Staz, Ardez und Ramosch, die in unmittelbarer Nähe zum Inn liegen. Heute zählen diese Auengebiete zu den Hotspots der Artenvielfalt und bilden die letzten verbliebenen Abschnitte einer bedeutenden Naturlandschaft.
Auch am bayerischen Inn wurden zahlreiche FFH-Gebiete ausgewiesen. Dazu zählen:
- Innauwald bei Neubeuern und Pionierübungsplatz Nußdorf
- Innauen und Leitenwälder
- die Inn und Untere Alz
- Salzach und Unterer Inn
- Innleite von Buch bis Simbach
- der Östliche Neuburger Wald und Innleiten bis Vornbach
- die Donau von Kachlet bis Jochenstein mit Inn- und Ilzmündung
Als reine Vogelschutzgebiete sind zudem die Salzach und der Inn in Bayern sowie die Vogelfreistätte Innstausee bei Attel und Freiham ausgewiesen, während weitere Gebiete nach Länderrecht unter Schutz gestellt wurden: die Vogelfreistätte Graureiherkolonie bei Au am Inn, die Innleite bei Marktl und Dachlwand, die Untere Alz, die Vogelfreistätte Salzachmündung sowie der Untere Inn in Bayern.
Smaragdgebiete (CH) und europäische Schutzgebiete (DE / Ö)
Smaragdgebiete
- Ardez – Schweiz
- Ramosch – Schweiz
- God da Staz – Schweiz
Fauna-Flora-Habitat-Gebiete (FFH)
- Innauwald bei Neubeuern und Pionierübungsplatz Nußdorf – Bayern
- Innauen und Leitenwälder – Bayern
- Inn und Untere Alz – Bayern
- Salzach und Unterer Inn – Bayern
- Innleite von Buch bis Simbach – Bayern
- Östlicher Neuburger Wald und Innleiten bis Vornbach – Bayern
- Donau von Kachlet bis Jochenstein mit Inn- und Ilzmündung – Bayern
Vogelschutzgebiete
- Salzach und Inn – Bayern
- Vogelfreistätte Innstausee bei Attel und Freiham – Bayern
- Europaschutzgebiet Unterer Inn – Oberösterreich
Schutzgebiete nach Länderrecht
Neben den europarechtlich geschützten Gebieten bzw. den Smaragdgebieten existieren in Tirol und Bayern einige Schutzgebiete nach Länderrecht:
| Milser Au | geschützter Landschaftsteil | Tirol |
| Silzer Innau | Sonderschutzgebiet | Tirol |
| Mieminger und Rietzer Innauen | Sonderschutzgebiet | Tirol |
| Gaisau | Naturschutzgebiet | Tirol |
| Kranebitter Innau | Sonderschutzgebiet | Tirol |
| Völser Au | geschützter Landschaftsteil | Tirol |
| Kufsteiner und Langkampfener Innauen | Naturschutzgebiet alter Prägung | Tirol |
| Vogelfreistätte Innstausee bei Attel und Freiham | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Vogelfreistätte Graureiherkolonie bei Au a. Inn | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Innleite bei Marktl mit Dachlwand | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Untere Alz | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Vogelfreistätte Salzachmündung | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Unterer Inn | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Auwälder am Unteren Inn | Naturschutzgebiet | Oberösterreich |
| Unterer Inn | Naturschutzgebiet | Oberösterreich |
