Angesichts des hohen Siedlungsdruckes im Inntal, aber auch durch die zunehmenden wirtschaftlichen und industriellen Aktivitäten sind die Uferzonen am Inn oft das letzte Refugium für Erholungssuchende. Diese sind aber auch Lebensraum und Wanderachse für verschiedenste Tier- und Pflanzenarten. Dadurch wird der Inn zu einem Modellfall für alle größeren Flussräume in den Alpen, für die ein Ausgleich zwischen Schutz- und Nutzungsinteressen gefunden werden muss.
Grundsätzlich ist das Inntal – dazu gehören der Inn, Dämme, Auen und auch die seitlichen Talleiten – eine Ausbreitungs- und Wanderachse, nicht nur für aquatische Arten, sondern auch für terrestrische Tiere und Pflanzen aus dem Alpenraum Richtung Vorland und weiter ins Flachland aus den Tieflagen oder aus den Stromtälern der Tieflagen in die höher gelegenen Bereiche im Alpenraum. Dazu zählen beispielsweise Forellen, Äschen und Huchen. Diese Arten sind auf eine Durchgängigkeit der Wanderachse angewiesen, die allerdings durch Wasserkraftwerke, Querbauten und andere Verbauungen immer weiter zerschnitten wird.
Flora
Im Oberlauf des Inn bilden Grauerlen und Kiesinseln mit Ruderalflora wertvolle Lebensräume. Auch bei Hochwasser schafft der Inn in den Auengebieten immer wieder neue Lebensräume, aus denen sich Inseln und ein Mosaik von feuchten und trockenen Standorten auf kleinstem Raum bilden. Hier gedeihen geschützte Arten wie die Bach-Gänsekresse, der Bunte Schachtelhalm, das Schuppenried oder das Rosmarin-Weidenröschen.
Im Verlauf des Unteren Inn kommen zu den dynamischen Lebensräumen im Flussbett mit angrenzenden Weichholzauen nun auch großflächige nicht-dynamische Auenlebensräume hinzu. Diese weisen in der Regel temporär hohe Grundwasserstände und ein abwechslungsreiches Auenrelief auf. Die Hartholzau, die sich aus einer flussnahen Eschen-Au und flussferner Ulmen-Eichen-Au zusammensetzt, nimmt hier große Flächen ein. Sie ist häufig mit offenen Schotterflächen durchsetzt.
Auf österreichischem Gebiet finden sich am Inn zwischen Landeck und Kirchbichl Zonen mit krautiger Ufervegetation, Ufergehölzen mit Ufertamariske, Lavendel-Weide oder Grau-Weide, sowie Auenwälder mit Schwarz-Erle und Gemeiner Esche. Am Unteren Inn finden sich zudem Silberweidenauen, während die Auwälder außerhalb hauptsächlich aus Eschen und Grauerlen bestehen, in trockeneren Bereichen auch aus Bergahornen.
Fauna
Für den Artenreichtum am Inn spielt die vorkommende Fischpopulation eine zentrale Rolle und ist gleichzeitig Indikator für den ökologischen Gewässerzustand. Im Allgemeinen gelten Fische als sehr vagile und anspruchsvolle Tiere, die auf die Verbindung von verschiedenen Gewässerteilen, sowie dem unmittelbaren Verbund von Habitaten und die Anbindung von Nebengewässern angewiesen sind. Dabei sind die Habitat-Ansprüche der Arten sehr unterschiedlich, und bei manchen Arten beziehungsweise in manchen Lebensstadien auf bestimmte Gewässerteile festgelegt. Dabei bestimmen Strömungs- und Substratverhältnisse, aber auch strukturelle Elemente, wie Totholz oder angeströmte Flachwasserzonen, wesentlich die Habitats-Eignung für spezifische Arten. Auf Veränderungen der natürlichen Umgebung, insbesondere durch menschliche Eingriffe, reagieren vor allem die schwach schwimmenden Larven der Fische sehr sensibel.
Forellenregion zwischen Schweiz und Tirol
Bis zur Grenzregion zwischen dem schweizerischen Graubünden und Tirol zählt der Inn zur Forellenregion, in der die beiden Leitfischarten Bachforelle und Äsche vorkommen, wobei auch hier der Erhaltungszustand der Äsche generell als unbefriedigend eingestuft wird. Trotzdem ist die Äschenpopulation im Inn dank ihrer Populationsstärke von besonderer nationaler Bedeutung. So findet man am Inn sogar einen speziellen Typen der „Inn-Äsche“, der nur hier vorkommt und von besonders hoher ökologische Bedeutung ist. Von den ursprünglich mehr als 30 Fischarten im Tiroler Inn kommen heute nur mehr die Bachforelle, die Äsche, die Koppe und die Regenbogenforelle häufiger im Flusssystem vor, wobei auch bei diesen Arten bestandsstützende Maßnahmen, wie das Aussetzen von Eiern oder Kleinfischen, durchgeführt werden.
Der Grund für die schlechten Populationswerte liegt vor allem im Tiroler Oberland in der Schwall-Sunk-Belastung. Dabei handelt es sich um regelmäßige Abflusschwankungen, die durch den Betrieb von Wasserkraftwerken entstehen, und innerhalb weniger Minuten abwechselnd zu einem künstlich erhöhten Abfluss (Schwall) und einem darauffolgenden Rückgang des Abflusses (Sunk) führen. Dieser Schwallbetrieb stellt einen starken Eingriff in die natürliche Abflussdynamik eines Gewässers dar und beeinträchtigt seine ökologische Funktionsfähigkeit – und damit auch alle Arten, die in diesem Gewässer vorkommen. Darüber hinaus fehlen vielen Fischarten auch die nötigen Rückzugsbereiche wie Auengebiete und barrierefrei zugängliche Seitengewässer.
Barbenregion an der deutsch-österreichischen Grenze
Für die bayerisch-oberösterreichische Grenzstrecke ist die Barbenregion charakteristisch – mit Barbe, Nase, Nerfling und Hasel und Huchen als Leitarten. Auf dieser Fließstrecke wirken sich vor allem eine verringerte Strömungsvielfalt, die Beeinträchtigung der Geschiebeumlagerung, die eingeschränkte Gewässer- und Auendynamik, sowie die Unterbrechung beziehungsweise Beeinträchtigung der ökologischen Durchgängigkeit negativ auf die heimische Fischpopulation aus. Dazu kommt, dass auch angeströmte Kiesbänke und Inseln, die ökologisch besonders wertvoll sind, am Inn heute praktisch verschwunden sind, was die ursprünglichen Lebensräume vieler Arten stark verändert hat.
Im Unterlauf des Inn finden sich heute vor allem Karpfen in der verringerten Strömung in Bach- und Flussmündungen. Im träge fließenden und tiefen Wasser im Mündungsgebiet der Salzach ist zudem auch der Waller heimisch geworden. In den Altwässern des Inns im Landkreis Altötting leben darüber hinaus auch Rotaugen, Rotfedern, Brachsen und andere Weißfischarten.
Vielfältige Vogelwelt
Der Inn und seine Auen bieten auch einer Vielzahl von seltenen oder gefährdeten Vogelarten einen wertvollen Lebens- und Brutraum, weshalb mittlerweile viele Strecken entlang des Inn als Vogelschutzgebiete ausgewiesen sind. Mehr als 300 verschiedene Vogelarten wurden hier nachgewiesen.
Der Flussregenpfeifer legt seine Eier direkt auf den Sandbänken, wo sie zwischen ähnlich großen und gefärbten Kieseln gut getarnt sind. Weil Sand- und Kiesbänke selten geworden sind, schrumpft der Lebensraum des Flussregenpfeifers. Auch der Flussuferläufer brütet vorwiegend auf Kiesbänken mit lockerer Pioniervegetation, während der Gänsesäger in Baumhöhlen brütet, sich aber zum Ruhen gerne auf Kies- und Schotterflächen aufhält. Wo es noch steile Uferwände gibt, die nicht mit Mauern verbaut sind, kann auch der Eisvogel seine Bruthöhlen anlegen.
In den Flussauen brüten Zwergdommel, Nachtreiher, Seidenreiher, Rohrweihe, Seeadler, Schwarzmilan, Schwarzkopfmöwe, Flussseeschwalbe, Blaukehlchen, Brandgans, Weißkopfmöwe und Lachmöwe. Am oberen Inn findet man zudem Wasseramsel, Bergstelze und Stockente. Am unteren Inn können große Wasservogelansammlungen mit Entenarten, Schwänen, Kormoranen oder Silber- und Graureihern gesichtet werden.
Biber, Kröten und Eintagsfliegen
Auch der Europäische Biber wurde in den 1970er Jahren auf der bayerischen Seite des Inn wieder angesiedelt und hat sich seither ausgebreitet. Zwischen der Salzachmündung und der Antiesenmündung finden sich rund 15 Reviere, der Biber ist aber auch flussaufwärts bis ins Tiroler Oberinntal und in die Schweiz gewandert. Zudem werden am Unteren Inn mittlerweile auch hin und wieder Fischotter gesichtet.
Nennenswerte Aubewohner sind auch seltene heimische Insektenarten, wie die Speer-Azurjungfer oder die Eintagsfliegen, während Erdkröten die umliegenden Tümpel zum Laichen nutzen. Darüber hinaus sind insbesondere wärmeliebende Insektenarten, wie der Tagfalter, Heuschrecken und Wildbienen an künstlichen Dämmen zu finden. Dabei tragen insbesondere die Wildbienen eine hohe ökologische Bedeutung aufgrund ihrer Rolle als Hauptbestäuber von zahlreichen Wild- und Kulturpflanzen. In der Regel nutzen diese nur spezifische Pollenquellen bestimmter Pflanzenarten, woraus sich eine starke gegenseitige Abhängigkeit von Bienen und Pflanzen ergibt.
